Quella che forse lo ha reso noto ad un pubblico più grande è stata la presa di posizione contro la “Dichiarazione congiunta sulla giustificazione per fede”, firmata nel 1999 e considerata una pietra miliare dell’ecumenismo contemporaneo. Non per Jüngel, però, che pubblicò il volume Il vangelo della giustificazione come centro della fede cristiana, Brescia, Queriniana 2000, in polemica con le letture celebrative di quell’accordo teologico.